1989年,《魔女宅急便》公映。宫崎监督首次挑战少女成长的题材。完成了风之谷动画后,跑到岳父家的山中小屋度夏的时候闲极无聊阅读了高桥千鹤的《混凝土的坡道上》,和晚辈的小女孩们一起阅读的经历让他职业性的想到了改编少女漫画成为动画的可能性。本来宫崎监督就是女性至上主义者的一种,以当代少女为主角的电影发想就此形成。这部作品和千与千寻应该都是这次邂逅的结果吧。
1992年,《红猪》公映。喜爱兵器的美丽却讨厌战争的宫崎监督在兵器模型杂志连载一些短篇漫画,这个作品即为其中之一改编。
这之后,吉卜力工作室有感于二位监督年事已高,开始着手培养新人。1993年是由客座监督望月智充导演带领新人制作TV Special海潮之声,可以说这是吉卜力工作室最为异色的作品。1994年是高畑监督的《平成狸合战》。1995年的《侧耳倾听》虽然是由A-pro时代就认识的近藤喜文监督,但是脚本、分镜仍然是宫崎担纲。
1994年连载十年的漫画《风之谷》也终于完结。不得不承认,1994年的同名动画的成功和当时的环保思想不无关系。而这个作品在连载中见证了宫崎监督想法的不断变化和反思。动画以来的想法不断被推翻否定,认为宫崎监督思想是简单的环保的人应该仔细读一下这个作品。
1995年,被认为是GHIBLI的实验剧场的《On Your Mark》、由恰克与飞鸟的歌曲制作的短篇作品在“Super Best3”放映。讲述了在被放射能污染的世界,两个青年把有翅膀的少女送上蓝天的故事。但宫崎骏想要表现的并不是“拯救”,而是“自己的希望”,这是最能触动人心的东西。
休整之后,宫崎监督开始制作算得上总结性的《幽灵公主》。吉卜力工作室的作品中,一般而言,宫崎监督的作品更为活泼明了和带有幻想色彩,更受观众欢迎。而他的作品也往往是当年国产电影票房的前三名以内。这部作品由于场面宏大,制作精美,加上宫崎监督隐退数年后复出的号召,更重要的是,这次前所未有的广告宣传,使得票房创造了日本电影的历史!日本电影票房一向是国外影片领先,这次成功可以说具有巨大的意义。